朱耷从三十六岁至三十八岁时,往返于南昌城与青云谱之间,青云谱的重建由其弟朱道明主持。朱耷正式定居青云谱,约在三十九岁以后至六十二岁。他苦心孤诣经营这所道院,历时二十多年。朱耷在度过了十三年的佛教徒生涯后,又成了一所道院的开山祖师。他的亦僧亦道的生活,主要不在于宗教信仰,而是为了逃避清朝满洲贵族对明朝宗室的政治迫害,借以隐蔽和保存自己。康熙十七年他五十三岁时,临川县令胡亦堂闻其名,便延请他随其僧长饶宇朴等到临川官舍作客年余。这使他十分苦恼郁愤,遂佯为疯癫,撕裂僧服,独自走回南昌。一年多后,他又回到青云谱,并在这里度过“花甲华诞”。当他六十二岁时,不再做住持,便把道院交给他的道徒涂若愚主持